非感染性慢性肾盂肾炎的许多病例在进行组织学和细菌学检查时，没有细菌感染的证据。组织学上有灶性或从被膜到髓质的楔形瘢痕及慢性炎症细胞浸润，病理常常诊断为慢性肾盂肾炎，实际上这是由梗阻造成的炎症反应，并非由细菌感染引起。
    结石合并感染引起结石性肾盂。肾炎、肾积脓、肾周围炎、肾周围脓肿，最终完全毁坏肾实质。另外，梗阻和感染更使结石增大，加重肾脏的病变。肾脏感染较常见的病菌为大肠杆菌。
    黄色肉芽肿性肾盂肾炎常伴有。肾结石，其病理特点为黄色瘤样细胞形成黄色斑块。细胞为泡沫状组织细胞，积聚成肉芽肿，胞浆内含脂质，胞核少而圆，偶见少量核仁，组织细胞间为纤维组织，多核巨细胞和丰富的毛细血管，可有慢性炎细胞浸润。形态学上应注意与透明细胞癌鉴别。夏同礼等报道1例与鳞状细胞癌伴发。本病多有尿路感染，尿培养常有革兰阴性细菌生长。
    软斑(malacoplakia)为肾脏少见的肉芽肿性病变，总是伴有泌尿系感染和感染性结石。病变呈圆形、软、黄色斑块，可累及部分或整个肾脏。软斑由泡沫状多角形组织细胞构成(Hanseman 细胞)，细胞内含有包涵体，称Michaelis-GutmarL小体。有人认为其组织来源类似于黄色肉芽肿性肾盂肾炎。